Основные задачи и функции:

1. Осуществление контроля в части соблюдения природоохранного законодательства основными хозяйствующими субъектами в границах морского порта Калининград в области охраны морской среды и требований международных конвенций.
2. Разработка мероприятий по предотвращению и ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций, связанных с загрязнением морской среды на акватории морского порта Калининград.
3. Осуществление контроля за наличием и выполнением «Планов по предупреждению и ликвидации разливов нефти и нефтепродуктов», за силами и средствами ликвидации разливов нефти и их готовностью на объектах, связанных с транспортировкой (перевалкой) нефти.
4. Контроль за чистотой фарватеров на подходных каналах и акватории в границах морского порта Калининград.
5. Осуществление ведомственного экологического контроля за соответствием портовых приемных сооружений в границах морского порта Калининград требованиям существующих нормативных документов и международных договоров.
6. Осуществление сбора и обработки информации об экологическом состоянии окружающей среды предприятий портово-промышленного комплекса, находящихся в границах морского порта Калининград.
7. Подготовка материалов для создания базы данных по соблюдению природоохранного законодательства на плавсредствах и предприятиях, осуществляющих свою деятельность в зоне ответственности АМП Калининград.
8. Подготовка ежегодной отчетности о природоохранной деятельности (защите морской среды) основных хозяйствующих субъектов морского порта Калининград и представление в Федеральное Агентство морского и речного транспорта Минтранса России.